Dans le chaos de la fin du 12ème siècle, un chef nommé Temüjin a finalement réussi à unir les tribus mongoles entre la Mandchourie et les montagnes de l'Altaï. En 1206, il prit le titre de Gengis Khan et mena une série de campagnes militaires - réputées pour leur brutalité et leur férocité - balayant une grande partie de l'Asie et formant l'Empire mongol, le plus grand empire terrestre contigu de l'histoire du monde. Sous ses successeurs, elle s'étendait de l'Ukraine actuelle à l'ouest à la Corée à l'est et de la Sibérie au nord au golfe d'Oman et au Vietnam au sud, couvrant quelque 33 000 000 kilomètres carrés (22 000 000 de la surface terrestre totale de la Terre) et ayant une population de plus de 100 millions de personnes (environ un quart de la population totale de la Terre à l'époque). L'émergence de Pax Mongolica a également considérablement facilité les échanges et le commerce en Asie à son apogée.
Après la mort de Gengis Khan, l'empire fut subdivisé en quatre royaumes ou Khanats. Ceux-ci finirent par devenir quasi-indépendants après la Guerre Civile Toluide (1260-1264), qui éclata dans une bataille pour le pouvoir suite à la mort de Möngke Khan en 1259. Un des khanats, le «Grand Khaanate», constitué de la patrie mongole et de la Chine , est devenu connu comme la dynastie Yuan sous Kublai Khan, le petit-fils de Gengis Khan. Il a établi sa capitale dans l'actuel Beijing. Après plus d'un siècle de pouvoir, le Yuan fut remplacé par la dynastie Ming en 1368 et la cour mongole s'enfuit au nord. Pendant que l'armée des Ming poursuivait la patrie des Mongols, l'armée des Ming a saccagé et détruit la capitale mongole Karakorum parmi quelques autres villes. Certaines de ces attaques ont été repoussées par les Mongols sous Ayushridar et son général Köke Temür.
Après l'expulsion des souverains de la dynastie Yuan de Chine, les Mongols ont continué à gouverner la patrie de la Mongolie, connue sous le nom de la dynastie des Yuan du Nord. Les siècles suivants ont été marqués par de violentes luttes de pouvoir entre diverses factions, notamment les Gengisides et les Oirats non-Gengisides, ainsi que par plusieurs invasions chinoises (comme les cinq expéditions menées par l'Empereur Yongle). Au début du 15ème siècle, les Oirads sous Esen Tayisi prirent le dessus, et attaquèrent la Chine en 1449 dans un conflit sur le droit de Esen à rendre hommage, capturant l'empereur Ming dans le processus. Quand Esen fut assassiné en 1454, les Borjigides reprirent le pouvoir.
Au début du 16ème siècle, Dayan Khan et son khatun Mandukhai ont réuni toute la nation mongole sous les Gengisides. Au milieu du XVIe siècle, Altan Khan du Tümed, un petit-fils de Dayan Khan - mais pas un Khan héréditaire ou légitime - devint puissant. Il a fondé Hohhot en 1557. Après avoir rencontré le Dalaï Lama en 1578, il a ordonné l'introduction du bouddhisme tibétain en Mongolie. (C'était la deuxième fois que cela se produisait). Abtai Sain Khan du Khalkha s'est converti au bouddhisme et a fondé le monastère d'Erdene Zuu en 1585. Son petit-fils Zanabazar est devenu le premier Jebtsundamba Khutughtu en 1640. Suivant les dirigeants, toute la population mongole a embrassé le bouddhisme. Chaque famille gardait des écritures et des statues de Bouddha sur un autel du côté nord de leur yourte. Les nobles mongols ont fait don de terres, d'argent et d'éleveurs aux monastères. Comme c'était le cas dans les États ayant des religions établies, les principales institutions religieuses, les monastères, exerçaient un pouvoir temporel important en plus du pouvoir spirituel.
Le dernier Khan Mongol était Ligden Khan au début du 17ème siècle. Il est entré en conflit avec les Mandchous à propos du pillage des villes chinoises, et a également aliéné la plupart des tribus mongoles. Il mourut en 1634. En 1636, la plupart des tribus mongoles intérieures s'étaient soumises aux Mandchous, fondateurs de la dynastie Qing. Le Khalkha a finalement soumis à la règle de Qing en 1691, en apportant ainsi toute la Mongolie d'aujourd'hui sous la domination mandchoue. Après plusieurs guerres, les Dzungars (les Mongols occidentaux ou les Oirats) furent pratiquement anéantis pendant la conquête de Dzungaria par les Qing en 1757-58.
Certains érudits estiment qu'environ 80% des 600 000 Dzungar ou plus ont été détruits par une combinaison de maladie et de guerre. La Mongolie extérieure jouissait d'une autonomie relative, administrée par les khanats héréditaires de Tusheet Khan, Setsen Khan, Zasagt Khan et Sain Noyon Khan. Le Jebtsundamba Khutuktu de Mongolie avait une immense autorité de facto. Les Mandchous ont interdit l'immigration massive de Chinois dans la région, ce qui a permis aux Mongols de conserver leur culture.
La principale route commerciale pendant cette période était la route du thé à travers la Sibérie; il y avait des stations permanentes situées tous les 25 à 30 kilomètres (16 à 19 milles), chacune comptant cinq à trente familles choisies. Urga (aujourd'hui Oulan-Bator) a grandement bénéficié de ce commerce terrestre, car c'était la seule colonie importante en Mongolie extérieure utilisée comme point d'escale par les marchands, les fonctionnaires et les voyageurs sur la route du thé.
Jusqu'en 1911, la dynastie Qing a maintenu le contrôle de la Mongolie avec une série d'alliances et de mariages mixtes, ainsi que des mesures militaires et économiques. Ambans, hauts fonctionnaires mandchous, furent installés à Khüree, Uliastai et Khovd, et le pays fut subdivisé en de nombreux fiefs féodaux et ecclésiastiques (qui plaçaient aussi les gens au pouvoir avec la loyauté envers les Qing). Au cours du XIXe siècle, les seigneurs féodaux accordent plus d'importance à la représentation et moins d'importance aux responsabilités envers leurs sujets. Le comportement de la noblesse mongole, ainsi que les pratiques usuraires des commerçants chinois et la perception des taxes impériales sur l'argent plutôt que sur les animaux, ont entraîné une généralisation de la pauvreté parmi les nomades. En 1911, il y avait 700 grands et petits monastères en Mongolie extérieure; leurs 115 000 moines constituaient 21% de la population. À part le Jebtsundamba Khutuktu, il y avait 13 autres hauts lamas réincarnants, appelés «saints détenteurs de phoques» (tamgatai khutuktu), en Mongolie extérieure.
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