Quand il a été formé pendant la Révolution française, à partir du 4 mars 1790 en exécution de la loi du 22 décembre 1789, le nouveau département a combiné des parties des provinces du sud de Bourgogne et de Bresse, unissant des terres qui n'avaient aucun antécédent commun ni politique l'unité et qui n'ont pas de véritable unité géographique. Ainsi son histoire est celle de la Bourgogne, et se retrouve surtout dans les histoires locales d'Autun, de Mâcon, de Chalon-sur-Saône, de Charolles et de Louhans.
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